Elles sont dues à une atteinte prédominante du tissu interstitiel qui forme la trame de soutien entre les néphrons. Elles sont souvent causées par la prise de médicaments néphrotoxiques au long cours (AINS, chimiothérapie…) ou par des pyélonéphrites récidivantes.
Ces infections urinaires, dues le plus souvent à un colibacille ("Escherichia coli"), sont généralement sans gravité, car elles restent localisées à la vessie où elles provoquent simplement une inflammation ("cystite") qui guérira facilement.
Mais si l'infection survient sur des voies urinaires qui se vident mal, les bactéries se multiplient facilement, remontent jusque dans les reins où elles donnent une "pyélonéphrite".
L'obstacle à l'écoulement des urines peut être anatomique (calcul, grosse prostate, rétrécissement inflammatoire ou cancéreux), ou être une gêne fonctionnelle par une malformation, comme le reflux vésico-urétéral fréquent chez l'enfant.